1． 溶菌酶是一種無毒、無副作用的蛋白質，又具有一定的溶菌作用，因此可用作天然的食品防腐劑。現已廣泛應用于水產品、肉食品、蛋糕、清酒、料酒及飲料中的防腐；還可以添入乳粉中，使牛乳人乳化，以抑制腸道中腐敗微生物的生存，同時直接或間接地促進腸道中雙歧桿菌的增殖。
2． 溶菌酶作為一種存在于人體正常體液及組織中的非特異性免疫因素，具有多種藥理作用，它具有抗菌、抗病毒、抗腫瘤的功效，目前醫用溶菌酶其適應癥為出血、血尿、血痰和鼻炎等。
3． 溶菌酶具有破壞細菌細胞壁結構的功能，以此酶處理G+細菌得到原生質體，因此，溶菌酶是基因工程、細胞工程中細胞融合操作必不可少的工具酶