拋光機設備操作的關鍵是要設法得到大的拋光速率，以便盡快除去磨光時產生的損傷層。同時也要使拋光損傷層不會影響終觀察到的組織，即不會造成假組織。前者要求使用較粗的磨料，以保證有較大的拋光速率來去除磨光的損傷層，但拋光損傷層也較深；后者要求使用細的材料，使拋光損傷層較淺，但拋光速率低。 
解決這個矛盾的好的辦法就是把拋光分為兩個階段進行。粗拋目的是去除磨光損傷層，這一階段應具有大的拋光速率，粗拋形成的表層損傷是次要的考慮，不過也應當盡可能小；其次是精拋(或稱終拋)，其目的是去除粗拋產生的表層損傷，使拋光損傷減到小。